A conclusão do curso de doutoramento (1.º ano) visa capacitar o doutorando para a prática da investigação em urbanismo, desenvolvendo as competências para a crítica e reflexão sobre problemas complexos relacionados com os territórios, sempre numa perspetiva do encontro de soluções.
Nos anos seguintes (2.º e 3.º anos) o estudante desenvolve a sua tese, em ambiente de investigação, preferencialmente integrado em projetos mais amplos (desenvolvidos no âmbito do centro de investigação). Ao completar a tese, e efetuando a sua defesa pública, o doutorado fica com a competência de investigar, desenvolver teorias e conceitos que permitam a melhoria da prática do urbanismo e o desenvolvimento do território.